Попытки использовать многочисленные реки и каналы города для организации транспортного сообщения в Санкт-Петербурге предпринимались давно, в начале XX века уже начинал работу речной трамвай, однако регулярное внутригородское пассажирское сообщение впервые было запущено только в 2010 году. Современный аквабус работает только в период летней навигации (с мая по октябрь), по результатам 2012 года этим транспортом было перевезено 115 тысяч человек.
Оплата проезда в аквабусе осуществляется при посадке на любой из катеров.
В настоящий момент движение осуществляется по 4 маршрутам:
— Приморская линия,
— Центральная линия,
— Невская линия,
— Курортная линия.
Интервал движения составляет 10-15 минут, суда проходят по Финскому заливу и Неве из спальных районов Санкт-Петербурга в исторический центр, деловые кварталы и пригороды. Остановки аквабуса находятся в пешеходной доступности от станций метрополитена и наземного транспорта.
Навигацию осуществляют суда нескольких типов, принадлежащие нескольким компаниям-перевозчикам: «МБС», «Интер яхт сервис», «Русские круизы». В планах городских властей увеличить количество маршрутов и интегрировать аквабус в единую систему общественного транспорта так, чтобы оплату поездки можно было совершать единым городским проездным билетом.